En tant que professeure d'analyse. Marcelle Guertin, désireuse de lier intimement le discours analytique à la musique même et, en même temps, de faire intervenir la dimension « perception » dans l'examen des œuvres, a constamment cherché à développer et approfondir des axes de réflexion en ce sens. Ainsi, sa démarche pédagogique a reposé tantôt sur une approche combinée de la partition et de l'écoute, tantôt sur une approche exclusivement auditive, tantôt encore sur une approche guidée par l'interprétation.

Depuis 2008, elle enseigne également le séminaire de recherche-création, lequel lui permet de s'investir tout particulièrement auprès des étudiants interprètes au doctorat.