Longtemps associée à la Société de musique contemporaine du Québec à titre de flûte-solo, Lise Daoust a créé un grand nombre d'œuvres pour la flûte et le piccolo. Elle a joué dans des formations diverses : soliste avec orchestre, chambriste ou encore récitaliste.  Elle est animée d'une curiosité qui la mène à toucher à des répertoires de tout horizon : des chansons populaires sud-américaines aux ragas indiens, en passant par le jazz, avec un arrêt particulièrement heureux en Chine…

Lise Daoust consacre également une grande partie de son temps au répertoire classique de la flûte et à l'enseignement.  Professeure régulièrement invitée à l'académie du Domaine Forget depuis 1981, au Music Centre de Banff de 2003 à 2005, elle est professeure titulaire à la Faculté de musique de l'Université de Montréal. Elle dirige des étudiants en interprétation, du baccalauréat au doctorat. Passionnée par son instrument, elle possède un répertoire d'une exceptionnelle étendue. Elle donne régulièrement des ateliers et des cours de maître en Europe et aux États-Unis.

Depuis plus de 15 ans, elle poursuit une recherche sur le répertoire pour flûte tiré de LICHT de Karlheinz Stockhausen, qu'elle a travaillé auprès de lui et de sa proche collaboratrice Kathinka Pasveer. Ses autres recherches se concentrent sur les sonates de Bach pour flûte, et sur la musique traditionnelle chinoise.