Les domaines de recherche de Sylvain Caron touchent à la musique française sous la 3e République (1871-1939), à la musique religieuse et aux rapports entre interprétation, analyse et expression. Son enseignement se partage entre l'harmonie, le contrepoint, la fugue, la mélodie française, les relations entre musique et symbolisme, et à l'approche comparative entre musique et beaux-arts.

Via ses nombreux enregistrements en tant que soliste et ses compositions pour instruments à vent, Mathieu Lussier s'applique à faire découvrir avec dynamisme et passion le basson baroque comme instrument soliste et instrument de musique de chambre.

Ses enseignements se concentrent autour de l'orgue, du clavecin, de la musique d'ensemble baroque, du continuo, de la facture de clavecin, de la littérature de l'orgue, de la performance practice; il offre également divers séminaires sur J.S. Bach.